Issu d’une famille de juristes du Mâconnais qui a donné plusieurs conseillers au présidial, Jean Tupinier est le fils du chevalier Tupinier (1753-1816). À 14 ans, bénéficiant d’une dispense du Comité de salut public, il entre en décembre 1794 dans la toute nouvelle École polytechnique, alors École Centrale des Travaux Publics, fondée par Jacques-Élie Lamblardie, Gaspard Monge et Lazare Carnot qui reçoit sa toute première promotion.

Reçu à la sortie de l’École spéciale des ingénieurs des vaisseaux comme élève ingénieur de la marine en décembre 1796, il en sort sous-ingénieur en 1799 pour être nommé au port de Brest. Muté à Toulon en 1801, il embarque peu après, en février 1802, sur le vaisseau L'Indivisible placé sous les ordres de l’amiral Ganteaume, ingénieur de l’escadre que le Consul Bonaparte envoie pour renforcer les troupes de général Leclerc chargé de reconquérir l'île de Saint-Domingue.

À son retour, Tupinier est quelque temps attaché au port du Havre. Puis, lors de la rupture du traité d’Amiens, quand Bonaparte lance son projet de conquête de l’Angleterre, nommé membre de la commission d’armement de la flotte, il est chargé à partir de Boulogne-sur-Mer d’en diriger les chantiers étalés tout au long de la côte, de Concarneau à Granville.

En 1805, à la dislocation de l'armée d'Angleterre, qui devient la Grande Armée chargée de combattre l’Autriche, Tupinier est envoyé à Gênes pour mettre en état puis convoyer vers Toulon le vaisseau Le Génois que le gouvernement avait fait construire dans le chantier du port. Envoyé en 1807 à Venise, il dirige les travaux hydrauliques du Lido durant six ans pour le compte du prince Eugène, vice-roi d’Italie, qui lui porte rapidement une forte estime pour sa maîtrise de ce chantier d'envergure.

En 1813, de retour à Boulogne-sur-Mer, il y surveille la désaffectation de la flotte construite en 1805 et, l’année suivante, passe au service du ministre de la Marine comme chef de la division des approvisionnements. La Restauration et le retour des Bourbon lui valent une disgrâce immédiate, sans doute à cause de ses engagements passés auprès du régime napoléonien et surtout en raison des prises de position de son père, membre de la chambre des représentants.

Le Baron Tupinier fut l'un de ceux qui réclamèrent la suppression des bagnes en France, tant pour des raisons humanitaires que parce que les bagnards forment une concurrence déloyale aux ouvriers des arsenaux, réduisant leurs moyens d'existence et entravant de ce fait le développement des ports.